上海交通大学药学学科于上世纪50年代初创建，1984年获得药理学博士学位授予权，2010年获得药学一级学科博士学位授予权。药学是上海交通大学“211”和“985”工程的重点建设学科，药学一级学科下设有药物化学、药剂学、生药学、药物分析学、微生物与生化药学、药理学等6个二级学科研究方向。目前学院有博士生导师约20人，每年招收博士生约15人，并招收与上海医药工业研究院联合培养博士生。

yd12300云顶线路目前有硕士研究生导师近70人，涵盖了药物化学、药剂学、生药学、药物分析学、微生物与生化药学、药理学等不同二级学科研究方向。学院可招收全日制学术硕士、全日制药学专业硕士和非全日制药学专业硕士，每年招生约60人。

药学专业培养具有扎实的药学、医学基础理论和专业知识及相关社会科学知识，具有较强的药学、医学实践和人际交流能力，具有良好的职业道德和人文素养，具有创新、创业精神，能够从事临床药学日常工作、临床药理研究、药品管理、药物研究与开发、社会药房管理、医药营销、药品检验、药事管理等方面工作，融药学与医学为一体的复合型医药学人才。
课程设置专业基础课程有人体解剖生理学、分子细胞生物学、生物化学、微生物与免疫学、物理药学、药用植物学、药物结构解析、药事法规等；专业主干课程有药理学、药剂学、药物化学、生药学、天然药物化学、药物分析、生物技术药物；专业选修课程有临床药学、化学制药工艺学、生物制药工艺学、生物药剂与药物动力学、药用高分子材料、中药药剂学、药品市场营销、药学前沿等。