2019年，yd12300云顶线路作为课题承担单位新增数项国家级重大、重点科研项目，新增科研项目的数量、质量较往年有较大增长。作为课题承担单位主持重大新药创制子课题2项，国家重点研发1项，参与重点研发、军工项目4项。主持基金委面上项目7项，重大研究计划培育项目1项，青年项目1项。主持市科委科学仪器项目1项，自然基金项目2项。新增校级联合实验室1项，院级联合实验室2项，合同金额共计2100万元。
本年度yd12300云顶线路实际到账经费3393.12万元，较去年环比增长21%，其中纵向经费1286.67万，较去年环比增长9.6%，呈现出持续上升的良好发展态势。
2019年，以yd12300云顶线路第一单位发表SCI论文109篇，其中中科院I区文章19篇，影响因子大于10的论文3篇，高被引论文5篇。中科院1区文章较去年涨幅58.3%，高水平论文数量增长较快。多篇论文发表在国际顶级期刊Angewandte Chemie-International Edition、Journal of Medicinal Chemistry、Biomaterials和Pharmacological Reviews等杂志上，进一步提升了学院的影响力和学术声誉。论文发表的数量和质量较往年都有了长足的进步。
2019年，yd12300云顶线路数项科研成果荣获国家科技进步奖、上海市科技进步奖和各类行业协会奖。陈代杰教授“依替米星和庆大霉素联产的绿色、高效关键技术创新及产业化”项目荣获国家科技进步二等奖。陈代杰、钱秀萍老师“细菌简史-与人类的永恒博弈”项目荣获上海市科技进步二等奖。闫超教授荣获2018年度中国产学研合作促进奖个人奖；王永祥教授“中草药镇痛作用机制研究”获得2018年度上海药学科技奖三等奖。
